Stephan Hoppe studierte von 1987 bis 1994 die Fächer Kunstgeschichte (Hauptfach), Mittlere und Neuere Geschichte, Theater- Film- und Fernsehwissenschaft und Geographie an den Universitäten Köln, Bonn und Berlin (FU). 1996 wurde er in Köln im Fach Kunstgeschichte mit einer Arbeit zum renaissancezeitlichen Schlossbau in Mitteldeutschland promoviert.
Es folgten Assistenzstellen an der Fakultät für Architektur der Universität Dortmund und dem kunsthistorischen Institut der Universität zu Köln. Zu Schwerpunkten der Forschung entwickelte sich die Geschichte höfischer Kunst und Architektur nördlich der Alpen unter funktionalen und kulturgeschichtlichen Perspektiven. Veröffentlichung und Herausgabe verschiedener Bücher zum Thema der nordalpinen Renaissance und frühneuzeitlichen Kunst. Mitbegründung des Rudolstädter Arbeitskreises zur Residenzkultur e. V.
Seit 1999 Publikationen zum Einsatz und der Reflexion digitaler Methoden und Techniken im Fach Kunstgeschichte. Initiierung der digitalen Erschließung der Architektur- und Ingenieurzeichnungen der deutschen Renaissance an der SLUB Dresden. 2009 zusammen mit Holger Simon die Gründung eines Start-Ups für digitale und mobile Kunstvermittlung.
Die Habilitation 2009 in Köln thematisiert ein stilpluralistisches Verständnis der Anfänge der Europäischen Renaissance am Beispiel der Architekturauffassungen von Künstlern wie Jan van Eyck und Albrecht Dürer. Es folgte 2010 der Ruf auf die Professur für Bayerische Kunstgeschichte an der LMU München und 2014 die Aufnahme in das Institut für Bayerische Geschichte.
In München stellt das Thema nordalpiner Kunst in den künstlerischen und sozialen Umbruchssituationen der frühen Neuzeit und die Wechselwirkungen der verschiedenen Kunstgattungen und Kulturdiskurse weiterhin eine bestimmende Perspektive dar.
Zusammen mit Hubertus Kohle leitet Stephan Hoppe den Promotionsschwerpunkt zur Digitalen Kunstgeschichte an der LMU und zusammen mit Georg Schelbert Gründung initiierte er den Arbeitskreis für Digitale Kunstgeschichte im deutschsprachigen Raum. 2012 Aufnahme in die Residenzenkommission der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen. Beiratsmitglied in dem ESF Research Networking Programme “Palatium: Court Residences as Places of Exchange in Late Medieval and Early Modern Europe”
Seit 2015 Leitung des Langzeitforschungsprojektes „Corpus der barocken Deckenmalerei CbDD“ der Union der deutschen Akademien. 2016 Fellowship am Graduate Institute for Art History der National Taiwan Normal University.